Un microscope numérique utilise une caméra pour afficher les observations sur un écran LCD, un ordinateur ou un moniteur externe, tandis qu'un microscope optique traditionnel permet généralement d'observer directement à travers des oculaires.

Le microscope numérique facilite la capture de photos et de vidéos, le partage des observations et le travail collectif. Certains modèles conservent également des oculaires classiques et associent ainsi observation optique et imagerie numérique.

Pour l'enseignement, les démonstrations ou le contrôle qualité, l'affichage sur écran apporte un confort supplémentaire. Le choix dépend avant tout des échantillons observés et de l'utilisation prévue.